В начале сезона 2001/02 голландский защитник Яп Стам был продан за £16 млн в «Лацио». На замену ему Фергюсон приобрёл 36-летнего защитника «Интера» Лорана Блана. Также перед началом сезона Стив Макларен перешёл в «Мидлсбро», где стал главным тренером. Новым ассистентом Фергюсона стал Джимми Райан.
К 8 декабря 2001 года, когда «Юнайтед» проиграл шесть матчей из семи, команда занимала девятую строчку турнирной таблицы, на 11 очков отставая от лидирующего «Ливерпуля», у которого была игра в запасе. Затем команда набрала хорошую форму, одержав восемь побед подряд в период с середины декабря по конец января, и выбралась в лидеры чемпионата. Тем не менее, чемпионский титул завоевал «Арсенал», а «Юнайтед» занял третье место. В Лиге чемпионов команда дошла до полуфинала, где уступила леверкузенскому «Байеру». «Юнайтед» завершил сезон без трофеев.
Сезон 2001/02 мог стать для Фергюсона последним в клубе. Он рассматривал возможность своего ухода. Однако уже в феврале 2002 года Фергюсон согласовал новый контракт, согласившись остаться в команде ещё, как минимум, на три года.
По окончании сезона «Юнайтед» побил британский трансферный рекорд, купив у «Лидса» за £30 млн 24-летнего защитника Рио Фердинанда. Летом того же 2002 года в клуб перешёл португальский тренер Карлуш Кейрош, ставший ассистентом Фергюсона.
В сезоне 2002/03 «Манчестер Юнайтед» выиграл восьмой титул чемпионов Премьер-лиги. В последних 11 матчах чемпионата «Юнайтед» одержал 10 побед и сыграл 1 матч вничью, а также не проиграл ни одного матча после Рождества.
В сезоне 2003/04 «Юнайтед» выиграл Кубок Англии, победив в финальном матче клуб «Миллуолл» со счётом 3:0. В чемпионате команда Фергюсона финишировала лишь третьей, а из розыгрыша Лиги чемпионов её выбил будущий победитель турнира, португальский «Порту». Рио Фердинанд пропустил заключительные четыре месяца сезона из-за начала восьмимесячной дисквалификации. Новые приобретения клуба — Эрик Джемба-Джемба, Жозе Клеберсон — не оправдали возложенных надежд. Исключением стал молодой португальский полузащитник Криштиану Роналду, который под руководством Фергюсона постепенно развился в игрока мирового уровня. На замену постоянно травмированному Уле Гуннару Сульшеру был приобретён французский нападающий Луи Саа.
Перед началом сезона 2004/05 в клуб перешли английский нападающий Уэйн Руни (ставший самым дорогим тинейджером-футболистом) и аргентинский защитник Габриэль Хайнце. В чемпионате команда вновь заняла лишь третье место, во-многом из-за травмы ван Нистелроя, пропустившего большую часть сезона. В Кубке Англии «Юнайтед» дошёл до финала, где уступил «Арсеналу» в серии послематчевых пенальти. Неудачи в Лиге чемпионов и Кубке Лиги означали, что клуб завершил этот сезон без трофеев.
Летом 2005 года американский бизнесмен Малкольм Глейзер получил полный контроль над клубом. Это вызвало бурные протесты со стороны болельщиков, но сам Фергюсон никогда публично не подвергал критике новых владельцев клуба.
В том же 2005 году Фергюсон решил существующую на протяжении уже многих лет «вратарскую проблему», купив у «Фулхэма» голландского голкипера Эдвина ван дер Сара. Также из «ПСВ» был куплен южнокорейский полузащитник Пак Чи Сон.
Сезон 2005/06 также оказался переходным. 18 ноября 2005 года многолетний капитан «Манчестер Юнайтед» Рой Кин покинул клуб. «Юнайтед» не смог выйти из группы в Лиге чемпионов. В январское трансферное окно 2006 года Фергюсон приобрёл двух защитников: серба Неманью Видича и француза Патриса Эвра. Команда заняла в чемпионате второе место, уступив титул лондонскому «Челси». Единственным трофеем клуба в сезоне стал Кубок Лиги. По оконачании сезона команду покинул ван Нистелрой, перешедший в «Реал».